Azerbaycan, SSCB nin dağılması sürecinde 18 Ekim 1991 da bağımsızlığını ilan etmiş ve ilk tanıyan ülke Türkiye olmuştu. Henüz bağımsız olmuş, kendi askeri teşkilatını tam oluşturamamış, içeride siyasi çekişmeler süren Azerbaycan’ın bu zayıf anını Ermenistan çok iyi değerlendirmiştir. 26 Şubat 1992 tarihinde Ermeni silahlı Kuvvetleri eski SSCB 366 sayılı motorlu alayının yardımıyla Hocalı'yı işgal etmişler, çocuk yaşlı ayırmadan 613 Azeri vatandaşımızı katletmişlerdi. Daha sonra Dağlık Karabağ ile bölgedekiKelbecer, Ağdam, Fuzuli, Cebrail, Kubadlı ve Zengilan illerini işgal etmişlerdi.
O yıllarda Türkiye Azerbaycan ilişkileri iyi olmakla beraber bugünkü seviyeye ulaşamamış ve ayrıca o dönemki konjonktür gereği Türkiye işgalleri kınamaktan öteye gidememişti.
7 Haziran 1992 tarihinde Ayaz Muttalibov’un kısa süren cumhurbaşkanlığının ardından, bağımsız Azerbaycan Cumhuriyeti’nin ikinci Cumhurbaşkanı Ebulfez Elçibey ile Türkiye Azerbaycan ilişkileri gelişmeye başlamıştır. Elçibey’in “ Biz bir millet iki devletiz” veciz ifadesi her geçen gün daha da doğrulanmıştır. Elçibey döneminde Türkiye Azerbaycan arasında Askeri Eğitim İş Birliği Anlaşması imzalanmış ve 1994 den itibaren de Türk Silahlı Kuvvetleri Azerbaycan Silahlı Kuvvetlerine eğitim vermeye başlamıştır. Bu eğitim ve işbirliği anlaşmasının kapsamı adım adım genişletilmiş ve Azerbaycan’da Harp Okulları açılmasına/ modernize edilmesine kadar uzamıştır. Türkiye’nin verdiği eğitim ve teşkilat yapılandırması ile Azerbaycan Silahlı Kuvvetleri bölgede giderek güçlenmiştir. Azerbaycan özellikle Ermenistan’a karşı ulaşmış olduğu yüksek askeri üstünlüğünü gizlemeyi başarmış, işgal altındaki topraklarını kurtarmak içinfırsat kollamıştır. Ermenistan’ın sık sık güç yoklaması yaptığı sınır ihlallerine taciz ateşlerine de cılız karşılık vererek Ermenistan’ı adeta cesaretlendirmişti.